在《宝可梦：剑盾》中，GameFreak终于在游戏中加入了现在游戏普遍拥有的自动存档功能，不过似乎GameFreak还并没有能够熟练使用这个功能。在游戏发售后，Reddit论坛上很多玩家表示在游戏过程中遇到自动存档导致游戏崩溃的BUG，并且存档损坏的事情。

　　遭遇这一BUG的数字版玩家表示，游戏在崩溃之后会收到错误信息并且必须重新下载游戏，而另一些玩家称他们可以进入游戏但是存档会提示已经损坏。更有甚者表示，在游玩过程中遇到自动存档BUG之后，不仅仅是游戏本身损坏，这个BUG竟然还会连带Switch内部存储中所有游戏的存档。Twitter玩家DeathChaos表示在游戏崩溃之后，他再次开启游戏显示了游戏存档损坏，而在他检查游戏内部存储内容时，却发现所有游戏的存档都已经变得和《宝可梦：剑盾》存档一样损坏了。

　　目前GameFreak官方还没有对此BUG进行回应，而目前最好的解决办法就是暂时关闭自动存档功能，知道官方推出修复补丁。